Die Nährstoffe müssen ständig dorthin gelangen, wo sie verbraucht werden: direkt an die Pflanzenoberfläche. Um dies zu gewährleisten benötigt man eine ausreichende Zirkulation des Wassers selbst in dichtesten Pflanzenbüschen. Am elegantesten wird dies mit einem Außenfilter realisiert, der laut Hersteller für weit größere Aquarien gedacht ist. Man nutzt einen stärkeren Filter, da dieser den Einsatz von die Gesamtoptik störenden Strömungspumpen vorbeugt. Die Wasserumwälzung des Filters wird durch mögliche nachgeschaltete Geräte wie externe Heizer und CO2-Außenreaktoren abgeschwächt. Am Anfang kann man die Leistung auswurfseitig drosseln und erhöht sie bei späterer Zusetzung der Filtermedien, oder der nicht sichtbaren Filterschläuche. Die Strömung sorgt auch dafür, dass die feinen CO2 Bläschen aus Diffusoren weitgehend aufgelöst und verteilt werden. Eine fünf bis siebenfache Umwälzung des Aquarieninhalts pro Stunde sollte, abhängig vom Einrichtungsstil, sollten im Allgemeinen genügen. Ein Iwagumi benötigt aufgrund seiner großzügigen Freiwasserzone  weniger Umwälzung als ein Aquascape mit vielen dichten Stängelpflanzenbeständen, welches wesentlich mehr Umwälzung benötigen wird.
Sollte der Filter zu schwach bemessen sein oder an Leistung nachgelassen haben, kann man mit kleinen und energieeffizienten Strömungspumpen aus dem Meerwasserbereich Abhilfe schaffen. Diese erzeugen eine sanftere und breit aufgefächerte Strömung – optimal auch für ein Pflanzenbecken. Auf Pumpen, die einen „harten“ Wasserstrom erzeugen, sollte man am besten verzichten.

Ein Filter hat nicht nur den Sinn der Wasserzirkulation, sondern bietet Filterbakterien auf dem Filtermaterial ausreichend Siedlungsraum. Die Bakterien verwerten die Abfallstoffe der Bewohner und wandeln diese in die Pflanzen verfügbaren Nährstoffe um. Ein Aquascape hat allein durch seine enorme Pflanzenmasse eine unglaubliche Gesamtoberfläche, auf der ebenfalls Bakterien siedeln. Daher muss die Art und Menge der Filtermedien, ebenso wie die Umwälzung, auf das Layout angepasst werden. Nicht selten erzielt man mit Reduzierung der Filtermedienmenge verbesserte Ergebnisse. Dies kann sogar bis hin zur völligen Filtermedienfreiheit führen, welches in Fachkreisen als „Geringfilterung“ bezeichnet wird. Eine zu starke Filterung oder falsche Filtermedienwahl bemerkt man an einem unnormal hohen Verbrauch von Nährstoffen: allen voran Nitrat. Es kann auch zur Entstehung von rostfarbenem Schlamm im Bodengrund oder im Filter kommen, welcher auf eine Ausfällungsreaktion zwischen Eisen und Phosphat zurückzuführen ist. So genannte Hochleistungsfiltermedien mit enorm großen Oberflächen, wie z.B. gesintertes Glas, oder auch Hamburger Matten Filter (HMF), können nötige Nährstoffe in großen Mengen entfernen und sollten nicht in reinen Pflanzenaquarien angewendet werden - allein das Design eines HMFs verbietet den Einsatz in einem Aquascape.
Ein wenig Filtermaterial im Filter dient als Puffer für spontan auftretende Belastungen, wie sie zum Beispiel bei einer unabsichtlichen Überfütterung des Besatzes oder Überdüngung mit organischen Düngern auftreten könnte. Deshalb sollte der komplette Verzicht auf Filtermedien nur von sehr erfahrenen Aquascapern durchgeführt werden. Zwar hat die Reduzierung der Filtermedienmasse weniger Bakteriensiedlungsraum im Filter zur Folge, doch ausreichend Bakterien, die benötigt werden um die Chelatoren von Mikronährstoffen zu "knacken" und den Pflanzen verfügbar zu machen, findet man zur Genüge im Bodengrund, auf dem Hardscape und den Pflanzen.

Anfangs könnte man beruhigt mit einem bis zur Hälfte nur mit Filtermatte und einfachen „Tonröllchen“ befüllten Außenfilter starten und die Filtermedienmenge mit der Zeit entsprechend anpassen. Die Filterreinigung ist dann durchzuführen, wenn der Durchfluss nachlässt. Auch die klaren Schläuche sollte man regelmäßig säubern oder austauschen nicht nur allein der Optik wegen, sondern um Strömungsverluste zu mindern. Wer sich und seinem Aquascape etwas gönnen möchte, sollte sich edle Filterein- und Ausläufe aus Glas oder Edelstahl zulegen - die schönste Variante davon wird „Lily-Pipe“ genannt, da der Auslauf einer Lilienblüte ähnelt.